複数のファイルをまとめてアップロードする方法を説明します。

＜input＞タグ（type属性：file）のname属性を配列にすると、
一度に複数のファイルをアップロードできます。
単独でのファイルアップロード方法については こちら を御覧下さい。

以下が簡単なサンプルになります。

（php部）
<?php
// 実行ボタンが押された時
if (isset($_POST[btnExec])) {
    //３回アップロードを行うので、処理の分だけループする。
    for ($i = 0; $i < 3; $i++) {
        // ファイルの転送先を設定します。
        // ファイルパス（絶対パス、ファイル名まで含む）を指定します。
        // また、転送先はパーミッションの書き込み権限を許可してください。
        $movetofile = "fullpath/" . $_FILES[uploadfile][name][$i];
        // テンポラリファイルを正規の場所に移動します。
        move_uploaded_file( $_FILES[uploadfile][tmp_name][$i], $movetofile );
    }
}
?>

（html部）
<form method="post" enctype="multipart/form-data">
    <input type="file" name="uploadfile[]" size="75">
    <input type="file" name="uploadfile[]" size="75">
    <input type="file" name="uploadfile[]" size="75">
    <input type="submit" name="btnExec" value="実行">
</form>

「参照」ボタンでファイルを選択し、「実行」ボタンでアップロードを行う。